L'enquête a été conduite par la commission malienne, avec l'assistance technique du BEA. Son rapport final de 169 pages a été publié le 22 avril 2016.
- Le vol a décollé de Ouagadougou à 1 h 15 UTC.
- L'épave a été localisée le 24 juillet 2014, à environ 80 km au sud-est de Gossi.
- Les capteurs de pression Pt2 des moteurs ont probablement été obstrués par des cristaux de glace, produisant des valeurs EPR erronées et une limitation de la poussée par l'automanette.
- La vitesse a diminué jusqu'au décrochage. L'équipage n'a pas appliqué les actions permettant de sortir du décrochage.
- Le FDR était exploitable. Le CVR, endommagé, ne contenait aucune donnée exploitable.
L'enquête de sécurité ne vise pas à déterminer les fautes ou les responsabilités. Les allégations examinées lors du procès pénal de Swiftair relèvent d'une procédure distincte et aucune décision n'a encore été rendue.